海洋科には「海洋環境」「食品総合」の２つコースがあります。それぞれに特色があり、進路希望や資格の取得などの目的に応じて２年次から自由に選択できます。１年次では共通科目で学習を行い、基礎学力を身につけます。１年次終了時点で自分の目的・進路を見据えコースを選び、２年次からさらに専門的な学習をして行きます。海洋船舶コースは令和３年度入学生より募集定員の減少、資格を持った教職員減少により廃止となります。

　「海洋環境」コースは、海洋についての知識を学び、資源管理型漁業を理解し推進できる知識技能を習得し、未来の海を守ることができる人材を育成します。さらに小型船舶（２０ｔ未満の船舶）免許は、本校が教習所となっており卒業時に取得できます。

　「食品総合」コースは、水産物を主とした食品加工・利用、食品の流通や情報処理について学ぶと同時に、自らの「食」について考える習慣や「食」に関する様々な知識・技能を習得します。